【喵呜刷题小喵解析】:矩阵式组织结构中,当纵向和横向指令发生矛盾时,应首先进行协调,而不是直接以项目经理的指令为主。在矩阵式组织结构中,纵向工作部门和横向项目部门都有各自的职责和权限,当指令出现矛盾时,需要项目经理和纵向工作部门负责人进行协商,共同确定优先级和解决方案。因此,直接以项目经理的指令为主是不合适的。