【喵呜刷题小喵解析】:A选项正确,根据《建设工程施工合同(示范文本)》,基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程,为设计文件规定的该工程的合理使用年限。B选项错误,屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏,保修期为5年,而不是4年。C选项错误,建设工程保修期的起始日是竣工验收合格之日,而不是提交竣工验收报告之日。D选项错误,保修期结束后,发包人应根据保修期内发生的保修费用与承包人进行结算,而不是直接返还质量保证金。E选项正确,在保修期内,承包人应根据合同约定承担保修责任,一直负有维修保修义务。因此,正确的选项是A和E。