下列工程进度计划系统的构成内容中，属于由不同功能进度计划组成的有（）。

施工总进度计划、主体工程施工进度计划、钢结构工程施工计划

设计进度计划、物资采购进度计划、施工管理机构的操作性进度计划

业主方的控制性进度计划、项目部的月度进度计划

企业的年度进度计划、项目部的月度进度计划

企业投标的指导性进度计划、项目部的实施性进度计划

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解析：

【喵呜刷题小喵解析】：

工程进度计划系统的构成内容中，由不同功能进度计划组成的有业主方的控制性进度计划、项目部的实施性进度计划。

选项A中的施工总进度计划、主体工程施工进度计划、钢结构工程施工计划，属于同一功能进度计划，即施工进度计划。

选项B中的设计进度计划、物资采购进度计划、施工管理机构的操作性进度计划，同样属于同一功能进度计划，即项目管理的计划。

选项D中的企业的年度进度计划、项目部的月度进度计划，虽然涉及不同的时间跨度，但仍然属于同一功能进度计划，即施工或项目的进度计划。

选项C中的业主方的控制性进度计划、项目部的实施性进度计划，属于不同功能进度计划。业主方的控制性进度计划是项目整体的控制性计划，而项目部的实施性进度计划是具体施工或操作的计划，两者在功能和目的上有所不同。

选项E中的企业投标的指导性进度计划、项目部的实施性进度计划，同样属于不同功能进度计划。企业投标的指导性进度计划是为了满足投标需求而制定的，而项目部的实施性进度计划是为了具体施工或操作而制定的，两者在目的和细节上有所不同。

因此，正确答案为选项C和E。