证券公司申请偿还次级债务，应当提交的申请文件包括( )。
Ⅰ．申请书
Ⅱ．借入次级债务合同
Ⅲ．合同当事人之间的关联关系说明
Ⅳ．证券公司目前的风险控制指标情况及相关测算报告

根据规定，证券公司申请偿还次级债务时，应提交以下申请文件：申请书、借入次级债务合同、证券公司目前的风险控制指标情况及相关测算报告。因此，选项Ⅰ、Ⅱ和Ⅳ是正确的，选项Ⅲ并未明确提及需要提交关联关系说明，因此不选。正确答案是D。