在1988年巴塞尔协议中，资本不足的商业银行指的是总资本充足率未达到至少百分之八，或者核心资本充足率低于多少？

根据题目中的信息，资本不足的商业银行在1988年巴塞尔协议中指的是总资本充足率不足8%，同时核心资本充足率也不足的情况。根据参考答案，核心资本充足率不足的标准是4%，因此正确答案为C。