出现药物治疗安全性问题的原因主要有三点，即

药物治疗安全性问题的原因主要有三点：药物本身固有的药理学特性、药品质量问题以及药物的不合理应用。其中，药品质量问题可能导致药物存在安全隐患；药物的不合理应用可能导致药物疗效降低或引发不良反应；而药物本身固有的药理学特性，也可能存在一些潜在的风险。因此，选项B、D和E都是导致药物治疗安全性问题的原因。而偶发药物不良事件和药物治疗的总成本并不是出现药物治疗安全性问题的主要原因。