应用系统运行中涉及的安全和保密层次包括系统级安全、资源访问安全、功能性安全和数据域安全，其中粒度最小的层次是（ ）

根据题目描述，应用系统运行中的安全和保密层次包括系统级安全、资源访问安全、功能性安全和数据域安全。在这四个层次中，数据域安全通常是粒度最小的层次。它关注的是数据本身的保护，例如数据的加密、访问控制等。因此，正确答案是D。