通常将“C：\Windows\nyprogram.exe”文件设置为只读和隐藏属性以控制用户访问，这种针对特定文件的安全管理方式属于哪一层次的安全管理？

根据题干描述，通常将"C：\Windows\nyprogram.exe"文件设置成只读和隐藏属性以控制用户对该文件的访问。这是通过文件属性的设置来实现的安全管理，属于文件级安全管理。因此，答案为A。