根据税收征收管理法律制度的规定，下列情况中，税务机关有权核定纳税人应纳税额的有（　　）。

纳税人设置的账簿账目混乱难以查账的

纳税人按法律、行政法规规定应当设置但未设置账簿的

纳税人虽设置账簿，但成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的

纳税人未按照规定的期限缴纳税款，经税务机关责令限期缴纳，逾期仍不缴纳的

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解析：

【喵呜刷题小喵解析】：根据税收征收管理法律制度的规定，税务机关有权核定纳税人应纳税额的情形主要包括以下几种：A选项：纳税人设置的账簿账目混乱难以查账的。这种情况下，税务机关为了确定纳税人应纳税额，有权对其账簿进行核查。如果账目混乱，难以通过正常的查账方式进行，税务机关可以采取核定税额的方式来确定纳税人的应纳税额。B选项：纳税人按法律、行政法规规定应当设置但未设置账簿的。按照我国的相关法律、行政法规的规定，一些企业或者个人是必须设置账簿的，如果他们没有设置，税务机关有权核定其应纳税额。C选项：纳税人虽设置账簿，但成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的。即使纳税人设置了账簿，但如果其中的成本资料、收入凭证、费用凭证等不完整或者残缺不全，导致无法通过正常的查账方式进行，税务机关也有权核定其应纳税额。D选项：纳税人未按照规定的期限缴纳税款，经税务机关责令限期缴纳，逾期仍不缴纳的。这种情况并不属于税务机关有权核定纳税人应纳税额的情形，而是属于税务机关采取税收强制执行措施的情形。当纳税人未按照规定的期限缴纳税款，经过税务机关责令限期缴纳后仍然不缴纳时，税务机关可以采取强制执行措施，如查封、扣押、拍卖等，以确保税款的缴纳。综上所述，税务机关有权核定纳税人应纳税额的情形包括A、B、C选项所述的情况。因此，正确答案为ABC。