【喵呜刷题小喵解析】:根据题目描述,原产地不明的进口货物适用的税率是普通税率。因此,选项D“普通税率”符合题意。其他选项如最惠国税率、关税配额税率和协定税率都不适用于原产地不明的进口货物。因此,正确答案是D。