【喵呜刷题小喵解析】:蛋白质工程是在基因工程的基础上发展起来的,它在技术方面有诸多同基因工程技术相似的地方,因此被称为第二代基因工程。酶工程、发酵工程虽然与基因工程有一定的联系,但它们的定义和范围与蛋白质工程不同,因此不是第二代基因工程。而DNA工程作为一个选项,与题目所描述的“第二代基因工程”没有直接关联,因此可以排除。综上所述,正确答案为B.蛋白质工程。