【喵呜刷题小喵解析】根据题意,某项目地基开挖工程由于施工方案不能适应地质需求导致大体积坍塌,经过项目研究决定改变施工支护方案,由此导致费用增加和工期延长。这种施工方案变更导致损失,应该由承包人承担。因为承包人负责施工,应该对施工方案负责,并承担因施工方案变更导致的损失。业主、政府部门和设计部门在此事件中并没有过错或责任,因此不应该承担损失。因此,正确答案是承包人。