【喵呜刷题小喵解析】:本质安全设计是在设计阶段采取措施来消除机械危险的一种安全设计方法。A选项“应用安全人机工程学原理”是本质安全设计的一部分,因为它考虑了人的因素,使机械更加符合人的生理和心理特点,从而减少操作错误和事故。B选项“限制机械应力”也是本质安全设计的一部分,通过限制机械应力可以防止机械过载和损坏,从而避免潜在的危险。C选项“保证材料的安全性”同样属于本质安全设计,因为使用安全的材料可以减少机械故障和事故。而D选项“设置机械安全防护装置”虽然是一种安全措施,但它是在机械已经设计完成后添加的,不属于本质安全设计。因此,正确答案是D。