【喵呜刷题小喵解析】:根据题目描述,当工厂发生变更时,需要向认证机构提出认证变更申请。在给出的选项中,只有“质量负责人”是与工厂变更直接相关的因素。因此,当质量负责人发生变更时,工厂应向认证机构提出认证变更申请。其他选项如工厂名称、质量管理文件、关键生产设备等虽然也可能发生变化,但并不直接涉及到认证变更的申请。因此,正确答案是B。