【喵呜刷题小喵解析】工程质量监督机构发现有影响主体结构、使用功能和施工安全的质量问题和事故隐患时,应当签发工程质量问题整改通知单,要求责任单位采取整改措施,消除质量和安全隐患。这是工程质量管理的重要措施之一,能够及时发现和纠正质量问题,确保工程质量和安全。因此,选项A“签发工程质量问题整改通知单”是正确的答案。选项B“立即责令停工”、选项C“暂扣安全生产许可证”和选项D“进行行政处罚”都不是工程质量监督机构在这种情况下应该采取的措施。