【喵呜刷题小喵解析】工程质量监督机构发现有影响主体结构的质量问题时,首先应采取的行动是确保安全,避免问题进一步扩大。因此,正确的做法是签发工程质量问题整改通知单,并立即进行现场取证,以了解问题的具体情况和原因。责令停工虽然重要,但在没有充分了解问题的情况下,直接签发行政处罚单可能过于严厉。约谈施工单位负责人虽然有必要,但在紧急情况下,更重要的是立即采取行动。因此,选项C“签发工程质量问题整改通知单,进行现场取证”是最合适的行动。