【喵呜刷题小喵解析】工程项目管理信息系统的成本控制功能主要包括计划成本与实际成本的比较分析、根据工程进展进行成本预测以及计算实际成本。这些功能有助于项目管理者对项目的成本进行实时监控和预测,确保项目在预算范围内进行。选项B“进行项目的估算、概算的比较分析”和选项D“合同执行情况的查询和统计分析”虽然与工程项目管理有关,但并不直接涉及成本控制功能。因此,正确答案为A、C、E。