工程总承包项目的预备费应根据下列规定使用: (1)工程总承包为可调总价合同,已签约合同价中的预备费应由发包人掌握使用,发包人按照合同约定支付后,预备费如有余额,应归发包人所有; (2)工程总承包为固定总价合同,预备费可作为风险包干费用,在合同专用条件中约定,预备费归承包人所有。故本题选择D。