【喵呜刷题小喵解析】:根据《建设工程施工合同(示范文本)》的规定,承包人提交的竣工结算申请单应包含的内容与是否已缴纳履约保证金无关。竣工结算申请单通常涉及与合同价款相关的事项。选项A“竣工结算合同价格”是竣工结算申请单中必须包含的内容,用于明确双方结算的合同价格。选项C“发包人已支付承包人的款项”也应包含在内,以准确反映承包人已经收到的款项。选项E“发包人应支付承包人的合同价款”也是竣工结算申请单中的重要内容,用于确定发包人根据合同约定应支付给承包人的款项。选项B“已经处理完的索赔资料”和选项D“应扣留的质保金”与竣工结算申请单的主要内容不直接相关,因此不应选。综上所述,正确答案为A、C和E。