【喵呜刷题小喵解析】在计算企业应纳税所得额时,不得计算折旧扣除的是经营租赁方式租入的机械设备。根据税法规定,企业以经营租赁方式租入的固定资产,其租赁费用可以在税前扣除,但不得将其作为固定资产计提折旧。因此,选项A中的机械设备不得计算折旧扣除。选项B中的房屋虽然已转入企业固定资产但尚未使用,但按照税法规定,可以计提折旧并在税前扣除。选项C中的机械设备以融资租赁方式租入,其租赁费用可以在税前扣除,同时按照税法规定,融资租赁租入的固定资产可以计提折旧并在税前扣除。选项D中的企业管理部门使用尚未提足折旧的办公设备,其折旧费用可以在税前扣除。因此,正确答案为A。