【喵呜刷题小喵解析】:路基工程施工组织设计应重点考虑的内容包括确定施工方法和土方调配,以及确定工地施工组织。这些内容是确保路基工程施工顺利进行的关键要素。选项B布置好堆料点和选项C布置好运料线虽然也是施工组织设计需要考虑的内容,但它们不是重点考虑的内容。选项D按均衡流水法组织施工虽然是一种常用的施工方法,但题目中并未明确强调其为重点考虑的内容。因此,正确答案为选项A和选项E。