【喵呜刷题小喵解析】:《中华人民共和国水法》规定,全国取水许可制度和水资源有偿使用制度的组织实施由国务院水行政主管部门负责。因此,正确答案为A选项,即国务院水行政主管部门。其他选项如流域管理机构、省(市)水行政主管部门、市水行政主管部门均不符合法律规定。