【喵呜刷题小喵解析】:《国务院办公厅关于加强基础设施工程质量管理的通知》(国办发[1999]16号)要求,为了加强公益性建设项目的验收管理,必须执行竣工验收制度。因此,正确选项为D,即竣工验收制度。其他选项如项目经理责任制、安全生产责任制、单元工程质量评定标准虽然也与工程质量管理有关,但与公益性建设项目的验收管理没有直接关系。因此,答案为D。