【喵呜刷题小喵解析】:水电工程的竣工验收是由省级人民政府能源主管部门负责的。这是根据水电工程管理的相关规定,竣工验收是工程建设的最后一道程序,需要由相应的主管部门进行验收和审批。因此,选项C“省级人民政府能源主管部门”是正确答案。其他选项如项目法人、上级主管部门、电站的运行管理单位等都不是竣工验收的主要负责单位。