【喵呜刷题小喵解析】:特别重大质量事故由水利部组织进行调查。这是根据水利部相关规定得出的答案。在水利工程建设中,质量事故的调查和处理是非常严肃和重要的工作,需要由相应的主管部门进行组织和协调。在这个问题中,特别重大质量事故的调查应该由水利部来组织,因为它是水利工程建设的主管部门,具有相应的职责和权限来进行调查和处理。其他选项如项目主管部门、省级以上水行政主管部门和国务院主管部门虽然也可能参与质量事故的调查和处理,但在特别重大质量事故的情况下,应该由水利部来主导调查工作。