【喵呜刷题小喵解析】:危险性较大的专项工程是指那些在施工过程中可能带来较大安全风险的工程。根据相关规定,超过一定规模的危险性较大的专项工程包括:A.围堰工程:围堰工程是用于截断水流、创造干地施工条件的水利工程。虽然具有一定的危险性,但通常不认为是“超过一定规模”的危险性较大的专项工程。B.水上作业工程:水上作业工程包括在河流、湖泊、海洋等水域进行的各种施工活动。虽然水上作业具有一定的风险,但同样不认为是“超过一定规模”的危险性较大的专项工程。C.沉井工程:沉井工程是利用井壁与土体的摩擦作用将井筒下沉到设计标高的工程。虽然沉井工程在施工过程中可能存在一定的安全风险,但同样不认为是“超过一定规模”的危险性较大的专项工程。D.顶管工程:顶管工程是指利用顶进设备将预制管道顶入土层中,形成新的管线的工程。这种工程在施工过程中可能存在较大安全风险,特别是在超过一定规模的情况下。因此,顶管工程属于“超过一定规模”的危险性较大的专项工程。综上,根据题目的描述,超过一定规模的危险性较大的专项工程是顶管工程,所以答案为D。