【喵呜刷题小喵解析】:根据《公路水运工程安全生产监督管理办法》第五十五条的规定,从业单位及相关责任人违反该办法规定,逾期未改正的,对从业单位处1万元以上3万元以下的罚款。具体适用此条款的行为包括:A选项“未按照规定配备安全生产管理人员”和B选项“未按照规定设置安全生产管理机构”并不直接涉及“逾期未改正”的情况,因此不适用此条款。C选项“主要负责人和安全生产管理人员未按照规定经考核合格”虽然可能涉及违规,但题目中并未明确提到“逾期未改正”,因此也不适用。D选项“未按批准的专项施工方案进行施工,导致重大事故隐患”和E选项“从业单位未全面履行安全生产责任,导致重大事故隐患”明确涉及了“逾期未改正”的情况,因此适用此条款。因此,正确答案为DE。