【喵呜刷题小喵解析】:航行通告、抛泥区许可证等航务管理工作通常由建设单位负责办理,因为建设单位是项目的主导单位,需要承担相关的管理和协调工作。施工单位主要负责具体的施工任务,而政府有关部门则负责监管和指导工作。因此,航行通告、抛泥区许可证应由建设单位负责办理,选项B正确。