【喵呜刷题小喵解析】:根据《建设工程施工发包与承包计价管理办法》的规定,港口与航道工程工程量清单计价应采用综合单价。综合单价是指完成一个规定计量单位的分部分项工程量清单项目或措施清单项目所需的人工费、材料费、施工机械使用费和企业管理费、利润,以及一定范围内的风险费用。因此,选项D“综合单价”是正确答案。