【喵呜刷题小喵解析】港口与航道工程的施工组织设计应在项目经理的领导下,由项目总工程师组织编写。因此,选项B“项目总工程师”是正确的答案。其他选项如项目副经理、项目部工程部长、项目部技术部长都不符合题目要求。在港口与航道工程的施工组织设计中,项目总工程师负责技术方案的制定和实施,因此他应该是组织编写的主要负责人。