【喵呜刷题小喵解析】:在航道整治工程中,施工自然条件主要包括影响施工的自然因素。水位、气象和工程地质都是与施工直接相关的自然条件。水位直接影响航道的水深和流速,气象影响施工进度和安全性,而工程地质则关系到施工区域的地质稳定性和基础条件。交通和补给虽然也是施工中需要考虑的因素,但它们更多地属于施工条件而非自然条件。因此,正确答案为水位、气象和工程地质。