【喵呜刷题小喵解析】:在水运工程施工过程中,索赔费用的计算原则应该是赔偿实际损失。这是因为索赔费用是要求对方对某种损失进行赔偿,而这个损失应该是实际发生的、可以证明的费用。因此,选项D“赔(补)偿实际损失”是正确的。其他选项如“计算合理”、“真实可信”、“证据确凿”虽然都是重要的原则,但不是索赔费用计算的核心原则。