【喵呜刷题小喵解析】根据水运工程检验批质量合格的标准,主要检验项目应全部合格。因此,选项A是正确的。其他选项B、C、D的合格标准并不符合水运工程检验批质量合格的标准。选项B提到主要检验项目中允许偏差的抽查合格率达到80%以上,这并不符合标准;选项C提到一般检验项目中允许偏差的抽检合格率达到90%以上,同样不符合标准;选项D提到一般检验项目的检验合格率达到90%以上,也不符合标准。因此,正确答案是A。