【喵呜刷题小喵解析】码头施工高程控制水准测量的最低等级为三等。在码头施工中,水准测量是为了确定和控制码头的高程,确保施工质量和安全。根据相关的规范和标准,码头施工高程控制水准测量的最低等级应为三等。因此,选项B“三等”是正确答案。其他选项如二等、四等和图根等在此类施工中并不适用或不是最低等级。