【喵呜刷题小喵解析】根据《安全生产法》的规定,施工企业的主要负责人对本单位的安全生产工作全面负责,其中包括保证本单位安全生产投入的有效实施。因此,选项D“保证本企业安全生产投入的有效实施”是施工企业主要负责人对安全生产的责任之一。选项A“工程项目实行总承包的,定期考核分包企业安全生产管理情况”和选项B“督促落实本单位重大危险源的安全管理措施”虽然与安全生产有关,但不是施工企业主要负责人对安全生产的直接责任。选项C“在施工现场组织协调工程项目质量安全生产活动”也不是施工企业主要负责人的责任,而是施工现场管理人员或项目经理的职责。因此,正确答案为D。