【喵呜刷题小喵解析】根据题目描述,总经理在听取了“治理的目标和任务”,“采取的方法和措施”,“经费和物资的落实”,“负责治理的机构和人员”,“治理的时限和要求”五部分内容的汇报后,对方案的五部分完整性提出了质疑。根据常识和安全生产管理的相关知识,一个完整的重大事故隐患治理方案应当包括安全措施和应急预案。因此,上述方案缺少的重要内容是安全措施和应急预案。因此,答案为A。