【喵呜刷题小喵解析】:根据《公路工程标准施工招标文件》的相关规定,承包人在合同协议书签订后的28天内,应向监理工程师书面提交以下文件:A. 施工进度计划:这是承包人对于项目施工进度的规划,以明确工程的进度和完成时间,便于监理工程师对项目进度的监督和控制。C. 合同用款计划:承包人应提交用于本合同的款项使用计划,以便监理工程师对资金的合理使用进行监管。D. 施工方案说明:承包人应提交施工方案说明,详细说明施工的具体步骤、方法和技术要求,以供监理工程师审核和监督。对于选项B“工程变更申请”和选项E“预付款保函”,题目中并未明确提到在合同协议书签订后的28天内需要提交。因此,这两个选项不应被选入。综上所述,正确答案为A、C和D。