【喵呜刷题小喵解析】:隧道水害的原因主要涉及到地质条件、施工因素等方面。选项A“隧道穿过含煤层地层”虽然是一个地质条件,但并非直接导致水害的原因;选项B“衬砌混凝土收缩”和选项C“衬砌厚度不足”都与隧道衬砌有关,但它们更多地与隧道结构的稳定性和安全性有关,而不是直接导致水害的原因。选项D“穿过节理、裂隙发育、含裂隙水的岩层”直接涉及到地质条件中的节理、裂隙和裂隙水,这些条件容易导致隧道发生水害。因此,正确答案是D。