【喵呜刷题小喵解析】:公路工程施工项目经理部的组织结构模式通常有四种,即直线式、职能式、矩阵式和直线职能式。根据题目选项,A选项“直线职能式”是其中一种模式,与题目描述相符。而B选项“顶层设计式”、C选项“代建制度”和D选项“联合组建式”均不在题目所描述的四种组织结构模式之内。因此,正确答案为A。