【喵呜刷题小喵解析】:根据题目,我们需要找出承包人的工程索赔正式文件中不包括的选项。选项A“批复的索赔意向书”是承包人提出索赔意向的文件,是索赔过程中的重要文件;选项C“合同条款修改指令”是承包人根据合同规定,对合同条款进行修改的指令,也是索赔过程中可能涉及的文件;选项D“工程的设计变更”是工程实施过程中可能发生的变更,承包人可能需要就此提出索赔。而选项B“进度款支付证书”通常是由业主或业主代表签发的,用于确认工程进度款支付情况的证书,它并不是承包人提出的工程索赔正式文件。因此,正确答案是B。