【喵呜刷题小喵解析】:混凝土工程在运行多年后,由于多种原因,可能会出现多种质量问题。其中,混凝土表层损坏、结构渗漏和混凝土强度不足是较为普遍的问题。混凝土表层损坏可能是由于环境因素、人为破坏或材料老化等原因造成的。结构渗漏可能是由于防水层失效、裂缝发展或连接部位处理不当等原因导致的。混凝土强度不足可能是由于材料质量不佳、施工不当或养护不足等原因引起的。因此,这三个选项都是混凝土工程在运行多年后可能存在的质量问题。选项D混凝土裂缝和选项E钢筋老化虽然也是混凝土工程中可能存在的问题,但在本题中并未明确指出是“主要普遍”存在的质量问题,因此不选。