【喵呜刷题小喵解析】根据题目中给出的信息,题目要求解析分类分项工程量清单项目编码500101002001中的后三位001代表的含义。根据编码规则,前两位50代表水利工程,接下来的两位01代表建筑工程,再接下来的两位00代表土方工程,最后的三位001则代表清单项目名称顺序码。因此,后三位001代表的含义是清单项目名称顺序码,所以答案为D。