【喵呜刷题小喵解析】:根据题目,我们需要找出因操作或施工措施不当引起的常见施工质量通病。选项A中的“赶工超挖、又不及时覆盖导致保护层破坏”是由于施工操作不当引起的,即赶工超挖后不及时覆盖,导致保护层被破坏。选项B中的“轻视、忽视现场管理导致隐蔽工程验收不合格”是由于管理不当引起的,不属于操作或施工措施不当。选项C中的“基坑设计的支撑结构不安全导致坑壁变形严重”是由于设计不当引起的,也不属于操作或施工措施不当。选项D中的“井筒涌水大,采用顶水作业导致井壁混凝土强度不足”虽然涉及到施工措施,但主要是由于涌水大和顶水作业引起的,不属于操作不当。因此,正确答案是A。