【喵呜刷题小喵解析】:《生产安全事故报告和调查处理条例》规定,重大事故、较大事故、一般事故分别由事故发生地省级人民政府、设区的市级人民政府、县级人民政府负责调查。特别重大事故由国务院或者国务院授权有关部门组织事故调查组进行调查。本题中,巷道掘进爆破作业造成5人死亡、5人重伤、经济损失900万元的安全事故属于较大事故,应由事故发生地设区的市级人民政府组织调查,因此该事故的调查组织部门应为设区的市级人民政府。所以正确选项为A。