【喵呜刷题小喵解析】根据《乡镇卫生院管理办法(试行)》规定,乡镇卫生院应当根据本地实际情况自主设置临床和公共卫生等部门,故A选项正确。而B选项中的“设置诊疗科目开展诊疗活动”并不符合该管理办法的规定,故B选项错误。C选项中的“出租、承包内部科室”是违反医疗卫生相关规定的,故C选项错误。D选项中的“绩效考核应当由县人民医院和乡镇人民政府负责组织”与管理办法不符,故D选项错误。因此,正确答案为A。