【喵呜刷题小喵解析】:《制造计量器具许可证》的办理涉及到政府计量行政部门,根据《中华人民共和国计量法》的规定,企事业单位申请办理《制造计量器具许可证》应由与其主管部门同级的政府计量行政部门受理。因此,正确答案为D,即“与其主管部门同级的政府计量行政部门”。