申请产品认证的工厂应规定与认证要求有关的各类人员职责、权限及相互关系，并在本组织管理层中指定()

在申请产品认证的工厂中，为了符合认证要求，应规定各类人员的职责、权限及相互关系。其中，为了在本组织管理层中确保认证工作的顺利进行，通常会指定一个管理者代表来负责相关事务。因此，正确答案为B。