在申请产品认证的过程中,工厂应在组织管理层中指定一个管理者代表,该代表应负责规定与认证要求相关的各类人员的职责、权限及相互关系。这是确保认证过程顺利进行和产品质量的重要保障措施之一。因此,答案为D,即管理者代表。