假设某机构持有一篮子股票组合，市值为100万港元，且预计3个月后可收到5000港元现金红利，该组合与香港恒生指数构成完全对应。此时恒生指数为20000点（恒生指数期货合约的乘数为50港元），市场利率为3%，则3个月后交割的恒生指数期货合约的理论价格为点。

该期货合约的理论价格计算如下：

首先，计算资金占用的利息。市值为100万港元，市场利率为3%，持有期为3个月。因此，相应的利息为：100万 × (3% × 3/12) = 7500港元。

其次，考虑三个月后收到的现金红利，这是一个预期收益，需要从利息中扣除。所以，净持有成本 = 7500港元（利息）- 5000港元（现金红利）= 2500港元。

然后，加上原始的市值100万港元，得到期货合约的理论价格：100万 + 2500 = 1002500港元。

最后，考虑到恒生指数期货合约的乘数为50港元/点，所以期货合约的理论价格对应的恒生指数为：1002500 / 50 = 20050点。

因此，答案为A，即该期货合约的理论价格为恒生指数的20050点。