在有证据证明结算会员结算担保金专用账户资金超过交易所规定数额，且结算会员未在人民法院指定的合理期限内提供相反证据时，人民法院的处理措施是什么？

根据题目描述，当结算会员在结算担保金专用账户中有超过交易所要求的结算担保金数额部分，且在人民法院指定的合理期限内未能提出相反证据时，人民法院可以依法冻结、划拨超出部分的资金。这与参考答案中的描述相符，因此正确答案为B。